Cilvēkiem ir zināmi trīs iedzimti fruktozes metabolisma traucējumi. Fruktozūrija (fruktokināzes deficīts) ir asimptomātisks stāvoklis, kas saistīts ar paaugstinātu fruktozes līmeni urīnā; iedzimta fruktozes nepanesība (aldolāzes B deficīts); un fruktozes-1,6-bifosfatāzes deficīts, kas arī tiek klasificēts kā glikoneoģenēzes defekts.