Patogēna noteikšanai ir izšķiroša nozīme pneimocistozes diagnozes apstiprināšanā. Galvenais pētījuma materiāls ir krēpas, bronhu sekrēti, skalošanas šķidrumi, kas iegūti bronhu vai bronhoalveolārās skalošanas laikā, plaušu audu gabaliņi, kas ņemti transbronhiālas, perkutānas vai atvērtas biopsijas laikā. Visbiežāk pacienta nopietnā stāvokļa dēļ šīs manipulācijas netiek veiktas, lai izvairītos no komplikācijām.