Visbiežāk pseidomembranozais kolīts attīstās ilgstošas antibiotiku ampicilīna, linkomicīna, klindamicīna, cefalosporīnu, retāk - penicilīna, eritromicīna, hloramfenikola, tetraciklīna lietošanas ietekmē. Clostridium difficile ir sporas veidojoša grampozitīva anaerobā stienīte, kas spēj producēt divu veidu eksotoksīnus: toksīnu A un toksīnu B. Ir četri galvenie ar C. difficile saistītie pseidomembranozā kolīta cēloņi.