Žultsceļu komplikācijas pēc aknu transplantācijas attīstās 10–20 % gadījumu. Tās ir striktūras, žults noplūde, fistulas un holangīts. Var novērot anastomožu striktūras, ko izraisa tehniskas kļūdas, iekaisums žults noplūdes un fibrozes dēļ, kā arī striktūras, kas nav saistītas ar anastomozēm un veidojas virs anastomozes porta hepatis virzienā, ko dažos gadījumos izraisa kanāla išēmija.