Dažiem autoimūnā hepatīta veidiem nav skaidri noteikta cēloņa, savukārt citi ir saistīti ar zināmiem līdzekļiem, piemēram, tiēnskābi (diurētiķi), vai ar tādām slimībām kā C un D hepatīts. Kopumā autoimūnajam hepatītam ar nezināmu etioloģiju ir dramatiskāka klīniskā aina, ar augstāku seruma transamināžu aktivitāti un γ-globulīna līmeni, aknu histoloģija liecina par augstāku aktivitāti nekā zināmas etioloģijas gadījumos, un labāka reakcija uz kortikosteroīdu terapiju.