Katru primāro lipoproteīnu raksturo atsevišķa proteīna (apolipoproteīna) klātbūtne, kas ir raksturīga tikai tam. Apolipoproteīnus apzīmē ar latīņu burtiem, un daži no tiem pārstāv proteīnu saimi un papildus tiek apzīmēti ar cipariem (piemēram, apo-A1, apo-A2 utt.).